染色質免疫沉淀技術（Chromatin Immunoprecipitation ，ChIP）是研究體內蛋白質與DNA相互作用的經典實驗方法。將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-seq 技術，可以在全基因組范圍內對蛋白質結合DNA位點進行高效而準確的篩選與鑒定，廣泛應用于組蛋白修飾、轉錄因子調控等相關領域的研究。通過五個步驟獲得理想的ChIP-seq結果。

      2. 免疫沉淀 捕獲并分離蛋白-DNA復物。

         抗體的選擇是ChIP-seq實驗成功的關鍵因素。 優先選擇ChIP/ChIP-seq級別的抗體。在某些情況下，您的靶標可能尚未經過 ChIP 實驗驗證。如果抗體經過免疫沉淀 (IP) 驗證，則極有可能適用于 ChIP。 其他要求抗體識別天然狀態抗原的方法也可以作為參考，例如免疫熒光 (IF)，免疫細胞化學 (ICC) 和免疫組織化學 (IHC)。如果針對某些靶標沒有可用的抗體，則可以在樣品中表達融合親和標簽（HA,Myc,His等）的靶標蛋白，然后使用針對親和標簽的抗體進行免疫沉淀。使用磁珠結合抗體獲得抗體-蛋白質-DNA復合物，充分洗滌磁珠-抗體-蛋白質-DNA復合物，純化并洗脫蛋白質-DNA復合物。  

         免疫沉淀注意事項：

•           (1) 并非所有抗體都適用于 ChIP，選擇已經驗證過的 ChIP 或ChIP-seq 的抗體。

•         （2) 使用經過應用驗證的抗體， IHC 、ICC、IF、 IP是證明抗體是否適合 ChIP 的合理良好佐證。

•           (3) 抗體濃度做梯度測試，實現最佳的信噪比。

•           (4) 洗滌液成分和濃度可能影響蛋白結合、信噪比和背景。

•         （5）可使用抗體同型對照IgG抗體，以便區分 ChIP 信號和背景。

          如果您想了解目標蛋白在整個基因組中的結合位點，那么需要進行NGS建庫測序。細胞核內染色質交疊、凝聚，可能會覆蓋住大量目標結合位點，導致ChIP富集到的組蛋白結合DNA總量都在ng級別，轉錄因子往往更少，極大的影響了ChIP-seq建庫成功率。根據您ChIP 實驗獲得的DNA總量可選擇相關的建庫試劑盒，提高建庫成功率。

•       （1）接頭連接后的產物可以用DNA磁珠進行一次純化，也可以進行兩次磁珠純化篩選一定范圍內的DNA片段。

•       （2）PCR產物出現接頭二聚體，可以使用1X磁珠進行兩次純化。

•       （3）單鏈建庫DNA濃度很低時，可以擴大預變性反應體積。

•       （4）文庫可以使用Qubit定量，微流控制片段分析儀（Qseq或2100）檢測DNA片段大小。