流式細胞術廣泛用于分析細胞表面和細胞內分子的表達、鑒定并確定異質細胞群中的不同細胞類型、評估分離亞群的純度以及分析細胞大小和容積。這種技術可同時分析單個細胞的多個參數，主要用于測定熒光標記的抗體檢測蛋白產生的熒光強度，或結合了特定細胞分子的配體，如碘化丙啶與 DNA 的結合。其染色過程包括從細胞培養物或組織樣品制備單細胞懸液。然后將獲得的細胞培養在包含未標記或熒光標記抗體的試管或多孔板中，再用流式細胞儀分析。
經熒光染色或標記的單細胞懸液放入樣品管中，被高壓壓入流動室內。流動室內充滿鞘液，在鞘液的包裹和推動下，細胞被排成單列，以一定速度從流動室噴口噴出。在流動室的噴口上配有一個超高頻的壓電晶體，充電后振動，使噴出的液流斷裂為均勻的液滴，待測細胞就分散在這些液滴之中。將這些液滴充以正、負不同的電荷，當液滴流經過帶有幾千伏的偏轉板時，在高壓電場的作用下偏轉，落入各自的收集容器中，沒有充電的液滴落入中間的廢液容器，從而實現細胞的分離。流式細胞系統包括：液流系統（Fluidics System),光學系統(Optics System),電子系統(Electronics System)。
流式細胞術主要應用于細胞功能檢測以及免疫細胞亞群檢測，細胞功能檢測主要包括：(1)細胞凋亡 ,(2)細胞周期, (3)活性氧,(4)細胞活性,(5)線粒體膜電位,(6)細胞增殖Brdu等。一些常見的免疫細胞亞群表面Marker如下：
流式細胞檢測注意事項：
(1)注意流式抗體選擇及配色，需要考慮熒光色素的亮度和穩定性，一般弱表達抗原分配強熒光素，常見熒光色素強弱如下。
(2)一些常見Marker生物學特性和表達 ①容易區分陰性陽性細胞群，如CD3,CD4,CD19 ②容易鑒定，較高水平表達如CD27,CD28,CD45RA,CD45RO ③低水平表達但關鍵的Marker如CD25,STAT5,Foxp3等。
(3)設定抗體濃度梯度進行預實驗，摸索最佳濃度。
結果示例：某小鼠模型腫瘤微環境免疫亞群分析。
